Po wprowadzeniu stanu wojennego 13 grudnia 1981 roku był ofiarą systematycznego nękania oraz inwigilacji ze strony Służby Bezpieczeństwa oraz Milicji Obywatelskiej. Wysuwano wobec niego fałszywe zarzuty, aby oczernić go w oczach przełożonych, za sprawą kłamliwych paszkwili publikowanych w mediach próbowano wywołać w społeczeństwie ukierunkowaną na niego nienawiść, kiedy on organizował pomoc materialną dla osób internowanych i ich rodzin, udzielał wsparcia więźniom politycznym. Wspierał różnego rodzaju inicjatywy społeczne, brał również udział w procesach aresztowanych za przeciwstawianie się prawu stanu wojennego. Nagrywając kilka rozpraw schowanym pod sutanną magnetofonem, przyczynił się do powstania materiału emitowanego później między innymi w Radiu Wolna Europa. Odprawiał msze za Ojczyznę, stając się duchowym przywódcą "Solidarności". Będąc duszpasterzem hutników, służby zdrowia, ludzi pracy, wzmacniał w narodzie wiarę oraz nadzieję na odzyskanie wolności. 19 października 1984 roku ksiądz Jerzy Popiełuszko został porwany, a następnie bestialsko zamordowany przez funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa. Dzisiaj przypada 38 rocznica tego wydarzenia.